任何食品都有可能具有一定的风险，风险的高低取决有毒有害物质的含量，这些有毒有害物质我们称为食品安全危害因素。危害因素依据属性可分为生物性危害、化学性危害和物理性危害。
（一）生物性危害

食品中的生物性危害主要是指生物（尤其是微生物）本身及其代谢过程、代谢产物（如毒素）对食品原料、加工过程和产品的污染，这种污染会对消费者的健康造成损害。
1、细菌

细菌是一类形状细短、结构简单、多以分裂方式进行繁殖的原核生物，是在自然界分布*广、个体数量*多的有机体。细菌广泛分布于土壤和水中，或者与其他生物共生，并在食品生产、加工、贮藏、运输、销售及消费过程中都可能污染食品。有些细菌具有致病性，可以引起细菌性食物中毒或细菌性传染病，从而引起食品的安全问题。这类细菌称为致病菌。
食品中常见的致病菌包括沙门氏菌、副溶血性弧菌、致病性大肠杆菌、变形杆菌、单增李斯特菌、蜡样芽孢杆菌、肉毒梭状芽孢杆菌等。
2、病毒

病毒是一类个体微小、结构简单，只含单一核酸（DNA/RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增值的非细胞型微生物。病毒只能在活体细胞内复制，在外界，病毒只能存活但不能复制，因而只能引起传染性疾病。病毒性传染病很多，污染食品的病毒则主要引起肠道传染病。常见的病毒包括脊髓灰质炎病毒、甲型肝炎病毒、新肠道病毒、埃克病毒、科萨科病毒、轮状病毒、朊病毒等。致病性病毒直接或间接污染食品、水源、手及其他进食工具，经口进入肠道引发病毒性肠道传染病。如1987年12月-1988年2月我国上海市因毛蚶污染而导致甲肝爆发，致使29万人罹难甲肝。
3、寄生虫

寄生虫是指不能或不能完全独立生存，需寄生于其他生物体内的虫类。寄生虫所寄生的生物体称为寄生虫的宿主。其中，成虫和寄生虫的有性繁殖阶段，寄生的宿主称为终宿主；幼虫和无性繁殖阶段，寄生的宿主称为中间宿主。寄生虫在其宿主内生存，通过争夺营养、机械损伤、拴塞脉通及分泌毒素对宿主造成伤害。寄生虫及其虫卵直接污染食品或通过病人病畜的粪便污染水体或土壤后，再污染食品，人经口摄入而发生食源性寄生虫病。食源性寄生虫病在我国分布广、危害严重，主要有蛔虫、绦虫、旋毛虫、姜片虫、华枝睾吸虫、广州管圆线虫等。
（二）化学危害

食品中的天然有害物质和有害的化学物质污染食品而引起的危害称为化学性危害。化学危害的种类繁多，按照其来源可以分为动植物天然毒素、环境污染物对食品的污染、农业投入品对食品的污染、食品加工过程产生的有毒有害物质、非法添加物和食品包装材料的污染。在餐饮服务行业一般是前五种危害来源较多，包装材料的污染较少。
1、食品中的天然有害成分

食品本身的某些成分可能会对人体健康造成危害，这种食品本身所含有的有害物质称为食品的天然有害物质。人类食入含有动植物天然有害物质的食品后可引起食物中毒，它不同于食品的有害污染物，是食品内在的、天然有害称为。餐饮服务业常见的食物包括毒蘑菇、四季豆、发芽马铃薯、鲜黄花菜、生豆浆、苦杏仁、白果、河豚鱼、有毒贝类、热带鱼、鱼胆、动物肝脏和甲状腺等。
2、食品中的环境污染物

环境中的有害成分可以通过各种途径转移到食品中，但由于动植物生长需要一定的时间，因此，对食品安全影响较大的是那些降解缓慢的物质。这些物质比较稳定，可以通过生物链的放大作用造成人类食物中的有害物质远远大于环境中的污染量，从而威胁食品的安全。对食品安全造成威胁的环境污染物包括重金属和持久性污染物。
3、食品中的农业投入品

农业投入品泛指为达到提高农产品的产量、改善农产品的营养价值、提高农产品的商业价值或增加农产品的耐储藏性等目地而在农业生产中应用的化学物质。主要包括农药和兽药两大类。这些物质在使用过程中如果不正确操作就可能造成残留，构成对食品安全的威胁。

农药按用途可以分为杀虫剂、杀菌剂、除草剂、杀线虫剂、杀螨剂、杀鼠剂、落叶剂和植物生长调节剂等类。按化学组成及结构可分为有机磷、氨基甲酸酯、拟除虫菊酯、有机氯、有机砷、有机汞等多种类型。农药在生产及使用过程中，主要是通过对食品的污染进入人体，一般估计，约进入人体农药总量的80%-90%。食品中的农药残留可能来自施药后对食用农作物的污染，可能来自农作物从被污染的环境（土壤、水、空气）中吸收，也可能由于在粮食、蔬菜、水果储藏时使用农药不当。禽畜产品中的农药主要来自饲料和对畜禽体及厩舍使用农药等。
4、食品中的霉菌毒素

霉菌毒素是真菌的次生代谢代谢产物，霉菌是真菌的一部分，是丝状真菌的统称。霉菌在自然界分布广泛，有45000多种，多数霉菌对人体是有益的，如发酵业、酿造业等的生产离不开霉菌。但也有部分霉菌对人体有害，这类菌常引起食品的霉变从而造成人体的真菌污染。有些霉菌还能产生毒素，如黄曲霉产生黄曲霉造成对人体的毒性伤害。常见的霉菌毒素还有赭曲霉素、杂色曲霉毒素、单端孢霉烯族类化合物、玉米赤霉烯酮、展青霉素、橘青霉素等。
5、食品加工生成的危害物质

食品加工的热处理可以杀灭细菌、病毒、寄生虫等病原体，但也可能产生新的危害物质，主要油炸食品所产生的丙烯酰胺、烘烤和烟熏食品所产生的多环芳烃物质、腌制肉类所产生的亚硝酸胺物质。
（三）物理性危害

物理性危害是指食品中外来的任何非正常的物体或异物等物理性物质引起的危害。物理性危害不像生物性危害导致的疾病需依靠医生诊断，消费者基本上肉眼可判断，这类危害也常常引起受害者对食品生产经营单位的投诉。引起物理性危害的主要材料为玻璃渣、金属、石粒、树叶、首饰、碎骨等。